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賽默飛世爾科技的QuantStudio™ 3實時熒光定量PCR系統是一款經典的96孔基礎型qPCR儀,其耗材和試劑選擇非常成熟和廣泛。總的來說,您需要準備以下幾大類:
一、賽默飛QuantStudio3實時熒光定量PCR核心耗材
1、反應板/板膜組合
QuantStudio 3是96孔標準模塊,因此您需要選擇96孔的板子和對應的密封膜。賽默飛提供了多種選擇以適應不同的實驗需求和預算:
(1)微孔板:
標準96孔板: 常用的類型,例如 MicroAmp™ Fast Optical 96-Well Reaction Plate (貨號: 4346906)。
光學級96孔板: 確保良好的光學性能,減少信號交叉干擾。
(2)密封膜:
光學平蓋膜: 與大多數試劑兼容,需要專用的壓膜工具密封,密封性好。例如 MicroAmp™ Optical Adhesive Film (貨號: 4311971)。
八聯管蓋: 如果您使用八聯管,則需要匹配的管蓋。例如 MicroAmp™ Optical 8-Cap Strip (貨號: 4323032)。八聯管的好處是可以在部分孔中進行實驗,靈活性高。
二、賽默飛QuantStudio3實時熒光定量PCR核心試劑
qPCR試劑是反應發生的化學基礎,主要分為兩大類:染料法和探針法。
1、預混液
這是常用、方便的形式,已將DNA聚合酶、dNTPs、緩沖液等組分預先混合好,用戶只需加入引物、模板和水即可。
(1)SYBR Green法(染料法):
PowerUp™ SYBR™ Green Master Mix (貨號: A25742): 性能優異,含有ROX染料校正,適合大多數應用。
SYBR™ Green PCR Master Mix: 經典選擇。
特點: 經濟、通用性強,但特異性略低于探針法,需要配合熔解曲線分析來確認產物的單一性。
(2)TaqMan法(探針法):
TaqMan™ Fast Advanced Master Mix (貨號: 4444557): 快速、靈敏,是進行探針法qPCR的重要選擇。
特點: 特異性高,適用于多重檢測(同時檢測多個目標基因),但成本較高,需要針對特定基因序列設計并合成探針。
2、關鍵組分
如果您不使用預混液,則需要自行配制體系,包括:
熱啟動Taq DNA聚合酶
dNTPs
緩沖液
鎂離子
熒光染料 或 探針
對于絕大多數用戶,直接購買預混液是高效、可靠的選擇。
三、其他輔助耗材與試劑
1、樣品制備階段:
(1)RNA/DNA提取試劑盒: 如 Invitrogen™ PureLink™ 系列。
(2)無核酸酶水: 用于稀釋和配制反應體系。
(3)RNase抑制劑: 如果進行RT-qPCR,用于防止RNA降解。
2、液體操作:
(1)無濾芯吸頭: 用于移取模板、引物等。
(2)帶濾芯吸頭: 強烈推薦用于移取預混液,可防止氣溶膠污染和交叉污染。
(3)PCR管/板: 用于配制主混合物。
3、逆轉錄試劑(用于RT-qPCR):
如果您是從RNA開始實驗,需要先將RNA逆轉錄成cDNA。例如 SuperScript™ IV First-Strand Synthesis System。
四、總結與工作流程示例
一個典型的SYBR Green RT-qPCR實驗流程所需清單如下:
1、RNA提取: RNA提取試劑盒、無RNase的離心管和吸頭。
2、逆轉錄: 逆轉錄酶、隨機引物/ Oligo dT、dNTPs、RNase抑制劑、無核酸酶水。
3、qPCR反應體系配制:
(1)試劑: PowerUp? SYBR? Green Master Mix、基因特異性引物、無核酸酶水、cDNA模板。
(2)耗材: 96孔反應板、光學粘封膜、帶濾芯的吸頭、用于配制主混合物的離心管。
4、上機運行: 將密封好的反應板放入QuantStudio 3中,設置程序并運行。